En el año 2004, la Armada Argentina entregó el Casino de Oficiales completamente vacío, sin objetos ni elementos de las prácticas concentracionarias. Desde la apertura del Museo en el año 2015, familiares de desaparecidos y sobrevivientes comenzaron a acercarse poco a poco a ofrecer sus acervos personales. En general se trata de objetos que pertenecieron o fueron realizados por los detenidos desaparecidos durante su cautiverio. Así como también elementos de represión (esposas, grilletes, entre otros) o documentos falsificados, producto del trabajo esclavo, que los sobrevivientes lograron sacar del centro clandestino.

Un proceso análogo ocurre con integrantes del sistema de justicia. Jueces y fiscales comenzaron a solicitarle al Museo la guarda de fondos documentales. A partir de los pedidos, se recibieron expedientes y documentación de causas judiciales asociadas a este centro clandestino destinados a difundir y transmitir a la sociedad argentina los hechos acontecidos a las víctimas del terrorismo de Estado, ocurridos en el ámbito físico de su detención, así como sus antecedentes y consecuencias. Las piezas hoy componen la base del futuro centro de documentación y de exhibiciones temporarias.