El recorrido consta de 17 estaciones, salas que contienen dispositivos museográficos tradicionales y contemporáneos basados en testimonios de sobrevivientes, documentos históricos de la Comisión Nacional de Desaparición de Personas (CONADEP), el juicio a las Juntas, y documentación desclasificada por las agencias del Estado, entre otros archivos. Las salas son: Hall de Entrada, Contexto Histórico, Historia de la ESMA: de escuela a centro clandestino, Sótano, Traslados, Capucha, Capuchita, Embarazadas, Pañol, Pecera, La Casa del Almirante, Los Jorges, Salón Dorado. La puesta museográfica no reconstruye las herramientas de las prácticas genocidas. El recorrido tiene una duración aproximada de 90 minutos.