El Sótano era el primer lugar al que eran ingresadas las personas detenidas al llegar a la ESMA para ser sometidas a interrogatorios bajo tortura. También era el último lugar por el que pasaban antes de ser asesinadas. Además, había en el Sótano una enfermería, un laboratorio fotográfico, una imprenta y una sala de producción audiovisual. En estas instalaciones se fabricaron documentos falsos para los integrantes del Grupo de Tareas de la ESMA. De todos estos usos dan cuenta diversos testimonios de los sobrevivientes, y quedan marcas constructivas que permiten su reconocimiento in situ.

Al fondo del Sótano se puede observar lo que se conoce como “El informe Basterra». Víctor Basterra fue secuestrado en el año 1979. Era obrero gráfico y fotógrafo. En la ESMA realizó trabajos forzados. Entre otros, hizo credenciales y tomó fotografías de los integrantes del Grupo de Tareas para la fabricación de documentos falsos. A fin del año 1983 logró empezar a llevar a su casa las fotos escondidas en la ropa. Un año más tarde, ya en democracia, entregó las fotografías a la Justicia. Su denuncia permitió mostrar tempranamente la identidad de algunas personas detenidas-desaparecidas y de los integrantes del Grupo de Tareas, para impulsar las primeras investigaciones penales.